Uno de los más notables aspectos de Chan Santa Cruz fue el desarrollo de una nueva religión, conocida como el Culto a la Cruz Parlante, y que era una adaptación del catolicismo con tradiciones y creencias mayas  autóctonas, la llamada Cruz Parlante era la verdadera gobernante de la sociedad e incluso ejercía el mando militar, por lo que se puede considerar que Chan Santa Cruz era un estado teocrático.

Los indígenas cansados y desmoralizados, estaban al borde de la derrota; un hecho, tan milagroso como calculado, les devolvió la confianza: la aparición de una cruz que hablaba, les regresó la cohesión como grupo. En los albores de 1850, José María Barrera, mestizo de Peto, grabó tres cruces en sendos árboles que transmitieron a los fieles, en forma de sermón  su primer mensaje el 15 de octubre de 1850. Meses antes el poblado fundado alrededor de esas tres cruces toma forma y es llamado  Chan Santa Cruz (“Pequeña Santa Cruz”) Sus pobladores se autonombraron cruzoob (“seguidores de la cruz”). José María Barrera se sirvió del ventrílocuo Manuel Nahuat como “intérprete de la cruz” y rebelaba sus mensajes a los mayas.  Construyó un templo de madera recubiertos por muros de tierra, con techo de paja y pavimento de mosaicos. Por dentro los muros aparecen adornados con pinturas de tipo religioso. Una tercera parte del recinto se encuentra separada del resto por una división de mampostería que encierra un sector denominado “La Gloria” donde se encuentra un altar velado. En él se resguarda  la Santa Cruz, vestida de hipil  (indumentaria femenina maya) y las imágenes de algunos santos. En la “La Gloria”, sólo pueden entrar el tatich y algunos de los sacerdotes ayudantes, por lo cual siempre está resguardada por un soldado portador de una vara insignia llamada “el ángel”.

Este puesto de vigilancia se va rotando de acuerdo a la compañía que realiza la guardia. Los demás miembros de la compañía en turno se ocupan del cuidado de la iglesia, así como encender las velas y repartir las comidas rituales que tienen lugar después de cada ceremonia.

El gobierno tomó las medidas ante las circunstancias, enfrentando así  a los adoradores de la cruz; en uno de estos ataques  el ventrílocuo Nahuat fue asesinado.

Tiempo después, cuando los indios recuperaron el lugar, Barrera se las arregló para recobrar fuerzas con el mismo culto; en aquella ocasión se pusieron tres cruces de madera, vestidas de hipil y fustán y dotadas del don de la palabra por haber sido anunciadas como “hijas” de la primera crucecita. El medio de comunicación de las tres cruces fue por medio de cartas que dictaban a los indígenas para expresar sus órdenes. Las funciones de su culto se iniciaban  diariamente  a las cuatro de la mañana con una misa; horas después se repetía ésta y por las noches se realizaban rosarios y misas.

Para 1899 el general del ejército Ignacio Bravo llegó a Chan Santa Cruz, la utilización  de cañones y las epidemias que se presentaron fueron favorables para su triunfo. Bastó el fin de la guerra para que la cruz no volviera a aparecer.

El hecho de que la cruz hablara hacia sentir a los indígenas que estaba más cerca de un elemento sagrado que les proporcionaba seguridad, protección  y ventaja por el hecho de estar del lado divino lo que fue propicio para que adquirieran  fuerzas y lucharan con más ímpetu .